Năm 2006, thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội. Theo đó Đảng bộ trong Học viện Kỹ thuật quân sự bao gồm:

• Đảng bộ Học viện Kỹ thuật quân sự là cao nhất;
• Đảng bộ các Khoa đào tạo, Viện nghiên cứu, Trung tâm nghiên cứu, các Hệ quản lý học viên trực thuộc Học viện Kỹ thuật quân sự;
• Chi bộ thuộc các Phòng, Ban, Bộ môn, các đơn vị cơ sở.